Organ upravljanja zavoda je svet zavoda.

Svet zavoda ima 7 članov, sestavljajo ga predstavniki:

• 4 predstavniki ustanovitelja
• 1 predstavnik zavarovancev
• 1 predstavnik Mestne občine Ljubljana
• 1 predstavnik delavcev zavoda

Predstavnike ustanovitelja imenuje Vlada Republike Slovenije, predstavnika Mestne občine Ljubljana imenuje Mestna občina Ljubljana, predstavnika zavarovancev imenuje Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije, predstavnika zaposlenih pa izvolijo zaposleni v zavodu.

Člani Sveta zavoda:

• Tilen Vesenjak – predsednik, predstavnik ustanovitelja
• Olga Lonec Pogačar -namestnica predsednika, predstavnica zaposlenih
• Vesna Barovič – članica, predstavnica ustanovitelja
• Janez Rifel – član, predstavnik ustanovitelja
• Ermina Bender – članica, predstavnica ustanovitelja
• Magdalena Mustar Pečjak – članica, predstavnica zavarovancev
• Francka Trobec – članica, predstavnica Mestne občine Ljubljana