Organ upravljanja zavoda je svet zavoda.

Svet zavoda ima 7 članov, sestavljajo ga predstavniki:
  • 4 predstavniki ustanovitelja
  • 1 predstavnik zavarovancev
  • 1 predstavnik Mestne občine Ljubljana
  • 1 predstavnik delavcev zavoda

Predstavnike ustanovitelja imenuje Vlada Republike Slovenije, predstavnika Mestne občine Ljubljana imenuje Mestna občina Ljubljana, predstavnika zavarovancev imenuje Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije, predstavnika zaposlenih pa izvolijo zaposleni v zavodu.

Člani Sveta zavoda:
  • Zlatka Škrlec – predsednica, predstavnica ustanovitelja
  • mag. Irena Kumše – članica, predstavnica ustanovitelja
  • Monika Ažman – članica, predstavnica ustanovitelja
  • mag. Jožef Kovač – član, predstavnik ustanovitelja
  • Anka Bolka – članica, predstavnica zavarovancev
  • Francka Trobec – članica, predstavnica Mestne občine Ljubljana
  • Martina Jež – članica, predstavnica zaposlenih