Organ upravljanja zavoda je svet zavoda.
Svet zavoda ima 7 članov, sestavljajo ga predstavniki:
- 4 predstavniki ustanovitelja
- 1 predstavnik zavarovancev
- 1 predstavnik Mestne občine Ljubljana
- 1 predstavnik delavcev zavoda
Predstavnike ustanovitelja imenuje Vlada Republike Slovenije, predstavnika Mestne občine Ljubljana imenuje Mestna občina Ljubljana, predstavnika zavarovancev imenuje Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije, predstavnika zaposlenih pa izvolijo zaposleni v zavodu.
Člani Sveta zavoda:
- Zlatka Škrlec – predsednica, predstavnica ustanovitelja
- mag. Irena Kumše – članica, predstavnica ustanovitelja
- Monika Ažman – članica, predstavnica ustanovitelja
- mag. Jožef Kovač – član, predstavnik ustanovitelja
- Anka Bolka – članica, predstavnica zavarovancev
- Francka Trobec – članica, predstavnica Mestne občine Ljubljana
- Martina Jež – članica, predstavnica zaposlenih